|
|
Methanogenní symbionti u zástupců čeledi Psalteriomonadidae (Heterolobosea: Tetramitia)
Foučková, Martina ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Steinová, Jana (oponent)
Psalteriomonadidae je malá čeleď anaerobních amoéboflagelátů z kmene Heterolobosea, do které se řadí 16 popsaných a 17 dosud nepopsaných druhů. V návaznosti na anaerobní způsob života došlo u zástupců této čeledi k transformaci mitochondrií na vodík produkující hydrogenosomy. U tří druhů čeledi Psalteriomonadidae - Psalteriomonas lanterna, P. vulgaris a P. magna - byly v minulosti pozorovány symbiózy s prokaryotickými organismy. U druhu P. lanterna a P. vulgaris byli symbionti na základě morfologie a biochemických vlastností určeni jako Methanobacterium formicicum. V rámci této práce bylo získáno a osekvenováno 37 nových izolátů představujících sladkovodní zástupce této čeledi, dva z nových izolátů pravděpodobně představují dosud neobjevené druhy. Prokaryotičtí symbionti byli na základě autofluorescence identifikováni jako zástupci methanogenních archaea. Sekvenací genu pro 16S rRNA byli symbionti u všech hostitelů určeni jako druh rodu Methanoregula. Symbionti byli rozděleni do deseti skupin představujících jednotlivé genotypy. Při porovnání fylogenetických stromů vytvořených z izolátů hostitelů a jejich symbiontů je u některých genotypů patrná hostitelská specifita. U tří studovaných izolátů druhu Sawyeria marylandensis a tří izolátů zástupců rodu Harpagon žádní methanogenní symbionti nebyli...
|
|
|
Metody reverzní genetiky u anaerobních prvoků
Stojanovová, Darja ; Tachezy, Jan (vedoucí práce) ; Doležal, Pavel (oponent)
Tato práce je primárně zaměřená na metody reverzní genetiky u anaerobních prvoků. Jelikož se jedná o široké téma, metody popisované v této práci jsou vybrané s přihlédnutím konkrétně k parazitům člověka T. vaginalis, G. intestinalis a E. histolytica. Jako metody reverzní genetiky se označují postupy umožňující manipulaci s geny na úrovni DNA a RNA za účelem porozumět jejich vlastnostem a funkci. Získané znalosti umožňují v laboratořích zabývajících se parazitickými prvoky odhalovat příčiny jejich patogenity a usnadňovat tak například hledání nových léčiv. V neposlední řadě umožňují tyto znalosti porozumět metabolismu a buněčným funkcím, které jsou u prvoků často velmi specifické nebo naopak redukované. Mezi metody reverzní genetiky na úrovni DNA, které působí trvalou změnu cílové sekvence, patří homologní rekombinace nebo integrace cizorodé DNA do genomu. Dočasné nebo trvalé změny v expresi genů mohou být realizovány pomocí transkripčního umlčování genů, kde sekvence DNA zůstává beze změny, avšak dochází k represi exprese. Transkripční umlčování genů může být navozeno řadou mechanismů, například je v některých případech funkčně propojené s dráhou RNA interference, která se běžně uplatňuje u posttranskripčního umlčování genů na úrovni mRNA. Další techniky umlčování exprese genů rozebírané v této...
|
|
|
Prokaryotičtí symbionti volně žijících anaerobních protist
Poláková, Kateřina ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Hampl, Vladimír (oponent)
Anaerobní prvoci jsou organismy obývající ředí bez přítomnosti kyslíku. Najdeme je anoxických habitatech jako jsou mořské a sladkovodní sedimenty, komunální skládky, nesmíme opomenout zástupce žijící v bachoru přežvýkavců, trávicím traktu švábů a dalších živočichů. Většinou mají anaerobní deriváty mitochondrií, často hydrogenosomy, organely produkující vodík. Metabolismus anaerobních prvoků je ve srovnání s aerobními organismy méně efektivní Časté interakce anaerobních ický my však mohou Symbiózy mezi anaerobními běžné a vznikly u zástupců mnoha anaerobních linií. žít buď endosymbioticky, uvnitř buňky hostitele, nebo ektosymbioticky, na povrchu hostitelské buňky. Dvě ekologicky významné skupiny prokaryot si dokázaly osvojit život symbiotickém vztahu volně žijícími anaerobními prvoky anogenní archebakterie, osídlující hlavně , využívají vodík nické sloučeniny k anu a síran redukující bakterie, žijící hlavně na povrchu buněk, využívají vodík a různé organické sloučeniny k redukci síranu na sulfan. Velmi málo se ví o bližším charakteru těchto vztahů druhové identitě a hostitelské specifitě prokaryotických symbiontů. Další výzkum je nutný pro pochopení fenoménu symbióz v anoxickém světě. Klíčová slova: anaerobní prvoci symbióza anogenní archebakterie síran redukující bakterie
|
|
|
Syntéza železo-sirných center u anaerobních protist
Zelená, Marie ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Mach, Jan (oponent)
Železo-sirná centra jsou malé anorganické kofaktory proteinů přítomné ve všech buňkách. Tyto proteiny se účastní důležitých buněčných procesů, jako je například genová exprese, či dýchací řetězec. In vivo syntéza železo-sirných center probíhá prostřednictvím složitých biosyntetických drah, které jsou v eukaryotických buňkách lokalizované v mitochondrii, cytosolu a plastidech. Syntéza v cytosolu je závislá na produktu mitochondriální dráhy. Mitochondrie anaerobních protist ve většině případů podléhají různému stupni reduktivní evoluce, s čímž souvisí i modifikace mitochondriální dráhy pro syntézu železo-sirných center. V mnoha případech tyto organismy získaly laterálním genovým přenosem alternativní biosyntetické dráhy, které fungují jako doplněk k mitochondriální dráze, či ji zcela nahrazují. Nahrazení mitochondriální dráhy dráhou alternativní bylo nejspíše klíčovou událostí, která umožnila sekundární ztrátu mitochondrie. Klíčová slova: Železo-sirná centra, anaerobní protista, ISC, CIA, SUF, mitochondrie
|
|
|
Prokaryotičtí symbionti volně žijících anaerobních protist
Poláková, Kateřina ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Hampl, Vladimír (oponent)
Anaerobní prvoci jsou organismy obývající ředí bez přítomnosti kyslíku. Najdeme je anoxických habitatech jako jsou mořské a sladkovodní sedimenty, komunální skládky, nesmíme opomenout zástupce žijící v bachoru přežvýkavců, trávicím traktu švábů a dalších živočichů. Většinou mají anaerobní deriváty mitochondrií, často hydrogenosomy, organely produkující vodík. Metabolismus anaerobních prvoků je ve srovnání s aerobními organismy méně efektivní Časté interakce anaerobních ický my však mohou Symbiózy mezi anaerobními běžné a vznikly u zástupců mnoha anaerobních linií. žít buď endosymbioticky, uvnitř buňky hostitele, nebo ektosymbioticky, na povrchu hostitelské buňky. Dvě ekologicky významné skupiny prokaryot si dokázaly osvojit život symbiotickém vztahu volně žijícími anaerobními prvoky anogenní archebakterie, osídlující hlavně , využívají vodík nické sloučeniny k anu a síran redukující bakterie, žijící hlavně na povrchu buněk, využívají vodík a různé organické sloučeniny k redukci síranu na sulfan. Velmi málo se ví o bližším charakteru těchto vztahů druhové identitě a hostitelské specifitě prokaryotických symbiontů. Další výzkum je nutný pro pochopení fenoménu symbióz v anoxickém světě. Klíčová slova: anaerobní prvoci symbióza anogenní archebakterie síran redukující bakterie
|
|
|
Metody reverzní genetiky u anaerobních prvoků
Stojanovová, Darja ; Tachezy, Jan (vedoucí práce) ; Doležal, Pavel (oponent)
Tato práce je primárně zaměřená na metody reverzní genetiky u anaerobních prvoků. Jelikož se jedná o široké téma, metody popisované v této práci jsou vybrané s přihlédnutím konkrétně k parazitům člověka T. vaginalis, G. intestinalis a E. histolytica. Jako metody reverzní genetiky se označují postupy umožňující manipulaci s geny na úrovni DNA a RNA za účelem porozumět jejich vlastnostem a funkci. Získané znalosti umožňují v laboratořích zabývajících se parazitickými prvoky odhalovat příčiny jejich patogenity a usnadňovat tak například hledání nových léčiv. V neposlední řadě umožňují tyto znalosti porozumět metabolismu a buněčným funkcím, které jsou u prvoků často velmi specifické nebo naopak redukované. Mezi metody reverzní genetiky na úrovni DNA, které působí trvalou změnu cílové sekvence, patří homologní rekombinace nebo integrace cizorodé DNA do genomu. Dočasné nebo trvalé změny v expresi genů mohou být realizovány pomocí transkripčního umlčování genů, kde sekvence DNA zůstává beze změny, avšak dochází k represi exprese. Transkripční umlčování genů může být navozeno řadou mechanismů, například je v některých případech funkčně propojené s dráhou RNA interference, která se běžně uplatňuje u posttranskripčního umlčování genů na úrovni mRNA. Další techniky umlčování exprese genů rozebírané v této...
|
host ::
RSS.